CENDOC-MUJER nació en 1979 como una común inquietud de tres instituciones de mujeres: Acción para la Liberación de la Mujer Peruana (ALIMUPER), el Centro de Promoción Cultural Creatividad y Cambio" y el Centro de la Mujer Peruana Flora Tristán. En su creación habían dos ideas fundamentales:

viñeta Constituirse como la memoria del quehacer de las mujeres, en aquellos años de efervescencia, de despertar y búsqueda de expresión a nivel mundial.
viñeta Contribuir al fortalecimiento de las mujeres y sus organizaciones, a través de una información actualizada y oportuna, que posibilite cambios sociales favorables y su empoderamiento.

En 1985 iniciamos las actividades como CENDOC-MUJER, siendo una de nuestras preocupaciones, pertenecer a instancias que agrupasen organizaciones del movimiento feminista y de mujeres, para impulsar celebraciones como la del 8 de marzo o festivales como "Canto a la vida", al mismo tiempo que participar de plataformas de acción que apostacen por visibilizar la violencia contra la mujer, los derechos reproductivos o la comunicación alternativa, entre otros.

Participamos en el nacimiento de la Red Nacional de Promoción de la Mujer (RNPM), como parte de la Región Lima, priorizando el trabajo con parlamentarias, ofreciéndoles información puntual y, al mismo tiempo, se elaboraron encuestas que fueron aplicadas a los partidos políticos de entonces.

En 1990 integramos el Foro Mujer, instancia que reunía a centros feministas y otras organizaciones de mujeres, con el objetivo de trabajar, activamente, con mujeres que posean poder político y social, quienes contribuyeron elaborando diversos proyectos de leyes. Tal fue el caso del proyecto de ley de Violencia Doméstica, en 1991, que originó una campaña de concientización y la realización de un foro. Cabe destacar, que en apoyo a esta campaña, el diario La República editó a manera de suplementos, dos números del boletín Foro Mujer, con un tiraje de 48 mil ejemplares.

Posteriormente formamos parte del Consorcio Mujer, integrado por seis organizaciones feministas que realizaron, entre otras actividades, un diagnóstico de los servicios de salud ginecológica y reproductiva en el Perú. En octubre de 1991, este Consorcio fue nombrado por el Estado como miembro de la Comisión Permanente de los Derechos de la Mujer y del Niño, perteneciente al Ministerio de Justicia.

En diciembre de 1992, fuimos distinguidas con un premio, por Women's Right Project del Human Rights Watch, de Nueva York,  por difundir información sobre los derechos humanos de la mujer.

Integramos activamente desde sus inicios, el Grupo Impulsor Nacional (GIN) con 11 ONGs de mujeres de Lima que se planteó como tarea movilizar a todas las organizaciones del país, tomando como pretexto la Cuarta Conferencia de la Mujer de Beijing, pero estableciendo más allá de aquel evento, una nueva unión nacional alrededor de una agenda común para las peruanas. 

Hemos organizado eventos culturales, presentaciones de libros, foros, videos forum y otras manifestaciones tales como la premiación a las mujeres destacadas de nuestro distrito en el marco del Día Internacional de la Mujer: 8 de marzo.